…Τα χρόνια περνούν ο πόλεμος πλησιάζει…γυμναστικές επιδείξεις Ιούνιος 1940. Οι Μαριανοί συνεχίζουν το παιδαγωγικό τους έργο.                                                Ομως η εμπλοκή της χώρας στο Β Παγκόσμιο Πόλεμο , διακόπτει απότομα τη λειτουργία των Λεοντείων όπως και όλων των σχολείων της χώρας, λόγω των βομβαρδισμών κατ΄ αρχάς και της ξενικής κατοχής κατόπιν. Με την επιστράτευση επτά freres, και οι περισσότεροι καθηγητές των Σχολείων, αλλά και πολλοί απόφοιτοι  ντύνονται στο χακί και φεύγουν για τα βουνά της Αλβανίας. Την περίοδο του Ελληνοιταλικού πολέμου το 1940, προσφέρεται το κτήριο του Λεοντείου στα Πατήσια για να μετατραπεί σε στρατιωτικό νοσοκομείο για την περίθαλψη των τραυματιών, ενώ το «Λεόντειο Λύκειο» της  Σίνα προσφέρει στο Υπουργείο Στρατιωτικών για το νοσοκομείο αυτό ένα καινούργιο πλήρες ακτινοδιαγνωστικό συγκρότημα το οποίο αποτέλεσε μια πολύτιμη δωρεά στα δύσκολα αυτά χρόνια.     Τον Απρίλιο του 1941 τα γερμανικά στρατεύματα καταλαμβάνουν την Αθήνα

(μαρτυρίες στο βιβλίο του απόφοιτου Κ.Βράττιτς  “Από τη χαραμάδα”)

Αρχίζει τότε η μακριά νύχτα της ναζιστικής κατοχής που θα κρατήσει τέσσερα χρόνια. Στη διάρκεια αυτής της ξενικής κατοχής  οι Μαριανοί Αδελφοί οργανώνουν συσσίτια στις εγκαταστάσεις των Σχολείων Σίνα και Πατησίων όπου παρασκευάζουν καθημερινά περισσότερες από 3.000 μερίδες φαγητού μια τεράστια προσφορά για χιλιάδες πεινασμένους Αθηναίους, μια προσφορά που διαρκεί μέχρι τον Απρίλιο του 1945.

Ενα σημαντικό περιστατικό που σχετίζεται με την προσπάθεια τόνωσης του φρονήματος και του πνεύματος αντίστασης , είναι η τέλεση την 25 Μαρτίου του  1941και το 1943 στο «Λεόντειο Λύκειο» κανονικού εορτασμού για την εθνική επέτειο παρά τη σαφή απαγόρευση του κατοχικού Υπουργείο Παιδείας. Αποτέλεσμα του γεγονότος είναι να επιβληθεί από τον τότε Υπουργό Παιδείας ποινή τρίμηνης παύσης από τα καθήκοντά του στον τότε Γενικό Διευθυντή του Σχολείου Ερρίκου Σκάση.

Στοιχεία που έχει συλλέξει η Ενωση Αποφοίτων από την τότε εποχή: